医療機関の消費税の還付は受けられるか｜控除対象外消費税の負担

この記事でわかること

• 医療機関で消費税の還付を受けられる条件と受けられない理由
• 医療現場で重い負担となる「控除対象外消費税」の基本的な仕組み
• 設備投資や消費税の支払いで資金繰りが悪化したときの対処法

医療機関は消費税の還付を受けられるのか

結論からお伝えすると、保険診療が中心の医療機関では還付を受けることが極めて困難です。
還付とは、かんたんに言うと「払いすぎた税金が国から戻ってくること」を指します。
一般企業であれば、仕入れで支払った税額が多ければ税務署から還付を受けられます。
しかし、医療機関の売上の大部分を占める社会保険診療は、消費税が非課税とされています。
国税庁のタックスアンサー（No.6201）でも、社会保険医療は非課税と示されています。
消費税を受け取らないため、仕入れで払った消費税を差し引く計算が基本的にできません。
その結果、税務署からの還付金を受け取る権利そのものが生じない構造になっています。

一方で、自由診療の割合が高い医療機関であれば還付を受けられる場合があります。
美容医療や自費の歯科治療、人間ドックなどは消費税がかかる「課税売上」になります。
自由診療のための高額機器を購入した年度などは、預かった税金より払った税金が多くなります。
この場合は要件を満たして申告すれば、差額の還付を受けることが可能になります。
ただし、日常診療の大部分が保険診療であるクリニックでは還付は期待できません。
還付をあてにした資金計画を立てると、大きなズレが生じるため注意が必要です。

医療機関を悩ませる「控除対象外消費税」の仕組み

医療機関の経営を圧迫する要因の一つに「控除対象外消費税」という問題があります。
かんたんに言うと「医療機関が仕入れ先へ支払ったのに、戻ってこない消費税」のことです。
消費税法第6条第1項および別表第二第6号により、保険診療は非課税と定められています。
患者窓口や保険者から消費税を受け取ることは法律上できない仕組みになっています。
しかし、医薬品や医療機器の購入、建物の修繕費などには10%の消費税がかかります。
仕入れの際に医療機関は取引業者へ消費税を上乗せして支払っています。

通常の事業者なら、消費税法第30条の「仕入税額控除」で支払った税額を差し引きます。
仕入税額控除とは、かんたんに言うと「預かった税金から支払った税金を引く計算」です。
ところが医療機関は非課税売上が中心であるため、この控除制度を十分に利用できません。
支払った消費税はどこからも戻らず、医療機関が丸ごと費用として負担することになります。
この負担は医療業界で「損税」とも呼ばれ、長年議論が続けられています。
厚生労働省は診療報酬に一定額を上乗せして補填していると説明しています。
しかし、高額な設備投資を行った医院などでは補填が追いつかない現状があります。

自由診療がある場合の消費税計算と還付の可能性

自由診療を取り入れている医療機関は、消費税の計算方法を慎重に選ぶ必要があります。
消費税の計算方式には「個別対応方式」と「一括比例配分方式」の2種類があります。
個別対応方式とは、支出を課税売上用、非課税売上用、共通用の3つに分ける方法です。
自由診療にだけ使う医薬品や医療機器の税額は、全額を仕入税額控除に充てられます。
自由診療専用の高額なレーザー機器などを導入した場合、税額が大きく控除されます。
その結果、年間の預かり消費税額を支払消費税額が上回り、還付が発生することがあります。

一方の一括比例配分方式は、支払ったすべての消費税に課税売上割合を掛ける計算です。
課税売上割合とは、総売上に占める自由診療などの課税売上の比率を指します。
保険診療の比率が高い医療機関では、課税売上割合が数パーセント程度にとどまります。
この方式を選ぶと、機器の支払消費税の大部分が控除できなくなってしまいます。
医療機器の購入や内装工事を控えている場合は、税理士と計算方式の確認が欠かせません。
なお、国税庁（タックスアンサーNo.6921）によると控除できなかった消費税は経費処理されます。
ただし経費になっても資金は一度手元から出ていくため、手元現金の確保が必要です。

設備投資や消費税支払いで資金繰りが悪化する理由

医療機関の資金繰りが圧迫されやすい理由は、支出の先行と入金の遅さにあります。
新しい高額医療機器を導入すると、本体価格に加えて多額の消費税を支払います。
前述のとおり保険診療中心のクリニックでは、この消費税は手元に戻ってきません。
決算書の上では減価償却費として毎年少しずつ経費化される仕組みになっています。
そのため、利益が出ているのに手元の現金だけが大きく減るという現象が起こります。
帳簿上の黒字と手元資金の残高に大きなズレが生まれ、資金繰りが苦しくなります。

さらに、社会保険診療報酬は請求から入金までに約2ヶ月のタイムラグがあります。
当月の診療報酬は、社会保険診療報酬支払基金や国保連の審査を経て翌々月に入金されます。
この2ヶ月の間も、職員の給与や薬品の仕入れ代金、家賃の支払いは毎月発生します。
消費税や法人税などの納税時期が重なると、急激に口座の残高が減少しやすくなります。
設備投資を行った年は特に、手元資金に余裕を持った資金計画を立てる必要があります。
万が一の資金ショートを防ぐためにも、早めの資金調達手段を確保しておくことが大切です。
現在の資金状況を把握したい方は資金調達シミュレーターをご活用ください。

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まとめ

医療機関において、保険診療を中心としている場合は消費税の還付を受けることはできません。
医療器具や医薬品の購入時に支払った消費税は「控除対象外消費税」として重い負担になります。
自由診療の比率が高い一部の医療機関を除き、還付を資金計画に組み込むのは危険です。
特に医療機器の更新や内装工事を行った年は、手元の現金が急激に減少しやすくなります。
資金ショートを防ぐためには、日頃から複数の資金調達ルートを用意しておくことが重要です。

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急な納税や設備投資による資金不足でお困りの際は、選択肢の一つとしてご検討ください。
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よくある質問

Q1. 保険診療のみのクリニックですが、高額な医療機器を買えば還付されますか？

還付を受けることはできません。
保険診療の収入は消費税法別表第二第6号により非課税と定められています。
預かった消費税がないため、機器の購入で支払った消費税を差し引くことができません。
支払った消費税は仕入税額控除ができず、全額が医院の実質的な負担（控除対象外消費税）となります。

Q2. 自由診療を行っていれば必ず消費税の還付金を受け取れますか？

必ず受け取れるとは限りません。
自由診療の売上に対する預かり消費税が、仕入れや設備で支払った消費税より多い場合は納税になります。
また、計算方式に一括比例配分方式を選んでいると、課税売上割合が低いために還付とならないケースがあります。
還付の可能性については、事前に顧問税理士などの専門家へ相談して試算することをおすすめします。

Q3. 診療報酬債権の買取を利用すると患者や取引先に知られますか？

患者様や普段お付き合いのある医薬品卸などの取引先へ知られる心配はありません。
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